• 1ère option : échanger avec le vérificateur fiscal

  • 2e option : faire appel au conciliateur fiscal

  • 3e option : redéposer votre déclaration de CIR/CII et votre demande de remboursement

  • 4e option : réaliser un rescrit fiscal

  • 5e option : saisir le tribunal administratif

  • Conclusion

Vous faites de la R&D ?

Vérifiez en 5 min les aides à l’innovation qui vous concernent.

Tester mon éligibilité

Vous avez déclaré du crédit d’impôt recherche (CIR) ou du crédit d’impôt innovation (CII), demandé son remboursement… puis, c’est la douche froide, vous avez reçu un courrier de l’administration fiscale vous indiquant que votre demande était rejetée. 

Pas de panique, vous n’êtes pas un cas isolé, et nous allons vous expliquer dans cet article comment procéder. Mais avant cela quelques rappels s’imposent. 

Lorsqu’une entreprise PME est déficitaire (ou lorsque son impôt sur les sociétés est inférieur au montant de son crédit d’impôt), elle peut demander le remboursement immédiat de la créance auprès de l’administration fiscale. En pratique, l’entreprise accompagne alors sa déclaration de CIR ou de CII d’une demande de remboursement afin d’obtenir directement le versement des sommes correspondantes. 

Dans certains cas, l’administration procède rapidement au remboursement, sans réclamer de justificatifs complémentaires. Pour autant, cela ne signifie pas que le dossier est définitivement validé : l’administration dispose d’un délai de trois ans pour contrôler les dépenses déclarées et demander les pièces justificatives. C’est ce que l’on appelle un contrôle fiscal. Si les éléments transmis ne permettent pas de justifier tout ou partie du crédit d’impôt, l’administration peut alors engager un redressement fiscal. Nous détaillons d’ailleurs cette procédure dans notre article consacré aux « 5 étapes du contrôle fiscal ». 

Mais il existe une autre situation : celle où l’administration demande des justificatifs avant même de procéder au remboursement du CIR ou du CII. Dans ce cas, il ne s’agit pas d’un contrôle fiscal à proprement parler, puisque l’entreprise n’a encore perçu aucun versement. On parle alors de demande d’information. 

À l’issue de cette phase d’analyse, l’administration peut décider d’accepter le remboursement… ou de le refuser totalement ou partiellement. Et c’est précisément cette situation de refus total ou partiel que nous allons aborder dans cet article. Nous allons vous présenter les 5 options qui s’offrent à vous pour maximiser vos chances d’obtenir gain de cause après un refus d’une demande de remboursement. Certaines options peuvent d’ailleurs être complémentaires ou se succéder. 

1ère option : échanger avec le vérificateur fiscal

Le vérificateur fiscal est la personne du service des impôts des entreprises (SIE), dont vous dépendez, qui a instruit votre dossier. Même après un premier avis défavorable, il reste possible de répondre à ses conclusions en apportant des éléments complémentaires ou des contre-arguments afin de tenter de le faire revenir sur sa position. 

Avant d’aller plus loin, il est indispensable de privilégier la voie du dialogue avec le vérificateur. Dans de nombreux cas, lorsque l’entreprise est effectivement dans son bon droit, la situation se débloque à ce stade. 

C’est pourquoi chez Finalli, nous accompagnons nos clients dans les échanges avec l’administration pour construire des éléments solides afin de répondre aux commentaires du vérificateur, l’aider à mieux comprendre le projet et faire évoluer sa position.

2e option : faire appel au conciliateur fiscal

Le conciliateur fiscal est un tiers chargé de jouer un rôle de médiateur entre l’entreprise et l’administration fiscale. Son intervention peut notamment permettre d’appuyer une demande de recours à un expert du Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Espace (MESRE) ou à un expert d’une des Directions Régionales de l’Économie, de l’Emploi, du Travail et des Solidarités (DREETS) lorsque le désaccord porte sur l’éligibilité technique des travaux déclarés. 

En effet, le vérificateur du SIE n’est généralement ni ingénieur ni docteur de formation. Il ne dispose donc pas toujours des compétences scientifiques ou techniques nécessaires pour apprécier le caractère de R&D ou d’innovation des travaux présentés, ce qui peut légitimement créer de la frustration chez les entreprises. 

Pour autant, le recours à un expert du MESRI ou des DREETS n’a rien d’automatique : il reste à la discrétion du vérificateur. C’est précisément dans ce contexte que l’intervention d’un conciliateur fiscal peut être utile afin de faciliter la désignation d’un expert indépendant. 

3e option : redéposer votre déclaration de CIR/CII et votre demande de remboursement

L’idée consiste ici à repartir sur de nouvelles bases. Pour autant, il est essentiel de tenir compte des remarques formulées par le vérificateur et d’apporter des ajustements au dossier. 

Cela peut passer, par exemple, par : 

  • une description plus détaillée des travaux réalisés ;  
  • une meilleure mise en avant du caractère novateur ou des verrous techniques rencontrés ;  
  • le retrait de certains profils moins techniques qui fragilisaient le dossier ;  
  • ou encore, dans certains cas, par un basculement du CIR vers le CII lorsque l’administration estime que les travaux relèvent davantage de l’innovation que de la R&D.  

Le « redépôt » de la déclaration peut également conduire à un changement d’interlocuteur au sein du SIE, ce qui constitue parfois, en pratique, l’un des objectifs recherchés afin d’obtenir un nouveau regard, non biaisé par le premier avis. 

4e option : réaliser un rescrit fiscal

Pour rappel, le rescrit fiscal consiste à demander officiellement l’avis de l’administration sur une question précise. Par exemple : mes travaux présentent-ils un caractère de R&D et sont-ils donc éligibles au CIR ? 

Point important : le rescrit porte uniquement sur les travaux et les dépenses réalisés sur l’année civile en cours. Vous pourriez donc vous demander quel est l’intérêt d’une telle démarche puisque le refus de remboursement concerne nécessairement des travaux réalisés lors d’exercices antérieurs. 

En réalité, cette stratégie peut s’avérer particulièrement efficace lorsque le refus porte sur l’éligibilité technique des travaux et que ces derniers se poursuivent encore en année N. 

Pourquoi ? Parce que le rescrit sera directement instruit par un expert du MESRI ou des DREETS, c’est-à-dire par un interlocuteur disposant d’un véritable bagage scientifique et technique. Et si ce rescrit est favorable, vous pourrez alors redéposer votre ancienne déclaration refusée en vous appuyant sur un argument particulièrement solide : les travaux validés dans le cadre du rescrit sont la continuité de ceux ayant initialement fait l’objet du refus. 

Autrement dit, il s’agit d’une stratégie indirecte, mais souvent redoutablement efficace. En revanche, ce rescrit doit être rédigé avec beaucoup de soin en respectant le forme et le fond souhaités. D’où l’intérêt à nouveau d’être accompagné. 

5e option : saisir le tribunal administratif

En portant l’affaire devant le tribunal administratif, vous changez totalement d’interlocuteur. Après avoir échangé avec l’administration fiscale, votre dossier est désormais examiné par des juges indépendants. 

Cette voie permet quasiment systématiquement d’obtenir l’intervention d’un expert du MESRI ou des DREETS ou l’avis d’un nouvel expert. 

À l’issue de la procédure, si la décision rendue ne vous satisfait toujours pas, il reste possible de faire appel devant la Cour administrative d’appel, puis, en dernier recours, devant le Conseil d’État. 

En revanche, il faut garder à l’esprit que la voie judiciaire est généralement longue, technique et coûteuse. 

Conclusion

Ce qu’il faut retenir, c’est qu’un premier refus de remboursement de crédit d’impôt recherche ou de crédit d’impôt innovation ne doit pas être considéré comme une fatalité. Les recours existent, et beaucoup peuvent être engagés dans un cadre amiable avant d’envisager une procédure judiciaire. 

Quelle que soit l’option retenue, il est toutefois essentiel d’être correctement accompagné dans ces démarches. Depuis plusieurs années, nous constatons chez Finalli un niveau d’exigence croissant de l’administration fiscale concernant les demandes de remboursement. Les dossiers doivent non seulement être solides sur le fond, mais également être capables de résister à une analyse technique et fiscale approfondie. 

C’est pourquoi nous accompagnons nos clients dans le montage de leurs dossiers de CIR/CII, mais également dans leurs échanges avec l’administration afin de définir la stratégie la plus adaptée : recours au conciliateur fiscal, redépôt du dossier, demande de rescrit ou accompagnement contentieux. 

Si vous avez des questions sur le sujet ou si vous souhaitez évaluer l’éligibilité de vos travaux au crédit d’impôt recherche ou au crédit d’impôt innovation, nos experts sont à votre disposition. Pour prendre rendez-vous avec un expert Finalli, c’est ici :