Une décision rendue le 28 janvier 2026 par le tribunal administratif de Paris pourrait permettre à certaines entreprises d’augmenter leur Crédit d’Impôt Recherche sur les années passées.
En cause : le traitement des aides versées par Bpifrance dans le calcul de l’assiette du CIR. Jusqu’à présent, la pratique consistait à les déduire des dépenses de recherche, afin d’éviter un double financement public. Mais dans l’affaire Cleyrop, le tribunal a considéré que ces aides n’avaient pas à être déduites, Bpifrance étant juridiquement une personne morale de droit privé.
Cette décision ouvre une brèche juridique qui fait aujourd’hui beaucoup réagir dans l’écosystème de l’innovation. Mais entre opportunité fiscale, incertitude juridique et risques de contrôle, la situation appelle à une analyse nuancée. Décryptage.
1. La jurisprudence Cleyrop : une remise en cause de la pratique fiscale
Jusqu’à présent, la doctrine fiscale et la pratique des entreprises étaient relativement claires : les aides publiques destinées à financer des dépenses de recherche devaient être déduites de l’assiette du CIR. Cette logique repose sur un principe simple : éviter qu’une même dépense de R&D soit financée deux fois par de l’argent public, à la fois via une subvention et via un crédit d’impôt. Dans les faits, cela signifiait que lorsque des projets de recherche bénéficiaient d’un financement de Bpifrance, le montant de ces aides devait être déduit des dépenses de recherche éligibles au CIR.
Toutefois, une décision du conseil d’Etat de juillet 2023 a commencé à ouvrir une faille juridique en considérant que seules les aides versées par une personne morale de droit public peuvent être qualifiées de subventions publiques. À la suite de cette décision, l’entreprise Cleyrop, un éditeur de logiciel, qui avait dans un premier temps déclaré son CIR 2022 en déduisant une subvention Bpifrance de l’assiette, a déposé une réclamation pour revoir son montant de CIR à la hausse. Cleyrop mettait alors en avant le fait que Bpifrance était une société anonyme de droit privé.
Une réclamation rejetée par l’administration qui amena Cleyrop à aller jusqu’au tribunal administratif. Et dans son jugement du 28 janvier 2026, le tribunal a donné raison à Cleyrop en s’appuyant sur la décision du conseil d’Etat pour considérer que les aides versées par Bpifrance ne constituaient pas juridiquement des “subventions publiques” au sens de l’article 244 quater B du Code général des impôts, dans la mesure où Bpifrance est une personne morale de droit privé. Selon cette interprétation, ces aides n’auraient donc pas à être déduites de l’assiette du CIR.
Cette position vient donc contredire la pratique fiscale appliquée jusqu’à présent, ce qui explique l’attention particulière que suscite cette décision dans l’écosystème de l’innovation. Il convient néanmoins de rappeler qu’il s’agit d’une décision de première instance, qui ne constitue pas encore une jurisprudence stabilisée.
2. Qu’est-ce que cela change pour les entreprises ?
Sur le plan purement technique, cette décision ouvre la possibilité pour certaines entreprises de contester la pratique antérieure et de demander un recalcul de leur CIR.
Concrètement, les entreprises qui ont bénéficié d’aides Bpifrance pour financer des projets de R&D et qui ont déduit ces aides de leur assiette de CIR pourraient envisager de déposer une réclamation contentieuse auprès de l’administration fiscale sur les déclarations 2023 et 2024. L’objectif serait alors d’obtenir un complément de crédit d’impôt.
Dans certains cas, les montants potentiellement récupérables pourraient être loin d’être négligeables (plusieurs dizaines voire centaines de milliers d’euros en fonction du montant de l’aide Bpifrance). Il n’est donc pas surprenant de voir certains acteurs du conseil démarcher les entreprises en présentant cette décision comme une opportunité immédiate de remboursement.
Toutefois, cette lecture purement opportuniste ne doit pas faire oublier que la situation reste juridiquement incertaine et comporte plusieurs risques.
3. Pourquoi il faut adopter une grande prudence
Même si la décision Cleyrop peut sembler ouvrir une opportunité, plusieurs éléments invitent à la plus grande prudence.
A- Une décision encore loin d’être définitive
Tout d’abord, le ministère de l’Économie et des Finances a déjà fait appel de cette décision. L’affaire pourrait donc être portée devant le Conseil d’État, qui pourrait parfaitement revenir sur l’interprétation retenue par le tribunal administratif.
Dans ce cas, les entreprises ayant engagé une démarche pourraient se retrouver dans une situation d’incertitude juridique et surtout devront s’armer de patience ! En effet, on imagine difficilement l’administration procéder massivement à des remboursements de CIR suite à ces procédures. Au contraire, elle devrait attendre les différents recours judiciaires avant de débourser le moindre euro. Ce qui veut dire pour les entreprises une attente de plusieurs mois voire plusieurs années.
B- Un risque d’évolution législative rétroactive
Face à un risque budgétaire important, l’État pourrait également choisir d’adopter une loi de validation rétroactive dans une prochaine loi de finances. Surtout si cette faille provoquait un grand nombre de demandes de remboursement.
Ce type de mécanisme, bien que juridiquement encadré, a déjà été utilisé par le passé pour sécuriser certaines recettes fiscales lorsque des décisions de justice venaient contredire la doctrine administrative.
C- Un risque accru de contrôle fiscal
Il ne faut pas non plus sous-estimer les implications procédurales d’une réclamation contentieuse en matière fiscale. Déposer une telle demande peut attirer l’attention de l’administration fiscale. Dans certains cas, cela peut conduire à l’ouverture d’une vérification de comptabilité.
Or, lors d’un contrôle fiscal, ce n’est pas seulement le dossier CIR qui peut être examiné, mais l’ensemble de la gestion fiscale de l’entreprise : TVA, impôt sur les sociétés, taxes diverses, etc. Les entreprises doivent donc être en mesure de justifier de manière très robuste l’ensemble de leurs déclarations, ce qui peut représenter des démarches longues et exigeantes.
D- Une règle déjà modifiée pour l’avenir
Enfin, il est important de noter que la Loi de Finances pour 2025 a déjà modifié l’article 244 quater B du CGI. Le texte précise désormais explicitement que les aides versées par des organismes de droit privé chargés d’une mission de service public doivent être déduites de l’assiette du CIR.
Cette évolution vise clairement à sécuriser la position de l’administration fiscale pour l’avenir, en incluant explicitement des organismes comme Bpifrance. Autrement dit, même si une discussion juridique peut subsister pour certaines années passées, la règle est désormais clarifiée pour les exercices futurs.
4. La position de Finalli
Chez Finalli, notre mission consiste à accompagner les startups et les entreprises innovantes dans l’accès aux dispositifs publics de financement de l’innovation. Dans ce cadre, nous attachons une importance particulière à la sécurisation des démarches et à une approche responsable de l’utilisation des aides publiques.
D’un point de vue strictement juridique, nous reconnaissons que la décision Cleyrop peut créer une opportunité technique sur certaines années passées. Toutefois, nous estimons qu’il est important de replacer cette décision dans son contexte. Les aides versées par Bpifrance restent, dans leur nature et dans leur finalité, des financements publics destinés à soutenir l’innovation. La logique consistant à les prendre en compte dans le calcul du CIR correspond donc à l’esprit général du dispositif.
Par ailleurs, les incertitudes juridiques, le risque de contrôle fiscal et les évolutions législatives déjà engagées nous conduisent à recommander une approche prudente. Dans la majorité des situations, nous conseillons donc aux entreprises de ne pas engager de réclamation sur cette base. En revanche, lorsque les montants potentiellement en jeu sont particulièrement significatifs, il peut être pertinent d’étudier cette option de manière approfondie.
Dans ce cas, notre rôle consiste à :
- analyser précisément la situation de l’entreprise ;
- évaluer les risques juridiques et fiscaux ;
- sécuriser au maximum la démarche si celle-ci est engagée.
Notre objectif reste le même : permettre aux entreprises innovantes de bénéficier des dispositifs de soutien à l’innovation tout en sécurisant leurs démarches sur le long terme.
